直接男性生殖器疱疹好发于阴茎包皮、冠状沟及龟头部位,肉眼可见到大小不等的水疱及破裂后的糜烂面,并且有少许脓性渗出物,并且有少许脓性渗出物,破溃的患处是梅毒螺旋体及艾滋病毒入侵的门户。次发病者在头三个月内传染性较大,有的人一生发病一次,如果反作者，常常发病在原处。
男性同性恋者可出现直肠Ⅱ型疱疹病毒肛门直肠感染，其发病仅次于淋球菌引起的男性肛门直肠炎。临床表现为肛门直肠疼痛严重、便秘、排脓和里急后重，肛门可有疱和溃疡。
男性生殖器疱疹症状还经常表现为双侧腹股沟淋巴结肿大。后期炎症波及尿道、膀胱时，可出现排尿困难、尿痛、尿频、严重者可发生尿潴留(尿潴留是由于尿路有病理障碍或神经性功能障碍，从而导致大量尿液积蓄在膀胱中而不能排出或排出不畅的病症)等现象。此外，还可能有其它症状同时出现，如发热、全身不适、头痛、颈项强直、脑膜炎和骶部神经系统功能不全。